El fallo sucede solo con la versión 0.48.4. Con la versión 0.48.3 no se reproduce el problema.

Ejecutando Inkscape desde un terminal podremos ver el siguiente error:

$ inkscape
*** Error in `inkscape': malloc(): memory corruption: 0x0000000009bc6590 ***
Emergency save activated!

Este problema no está extrictamente relacionado con el propio Inkscape, sino en las librerías Poppler. Para soluccionarlo simplemente debemos actualizar estas librerías.